L’expertise judiciaire avant le préjudice : une nouvelle logique probatoire en droit de l’environnement
Dans le cadre de notre recours porté avec plusieurs autres associations contre l’implantation d’un centre commercial dans l’Ain menaçant une zone humide, le Conseil d’Etat a fait droit à notre demande d’expertise judiciaire en matière environnementale. Le 25 février 2026 la Cour d’appel de Lyon a ainsi ordonné la désignation d’un expert en hydrogéologie chargé d’évaluer la menace que représentent les travaux de construction du centre commercial. Les juges admettent la demande d’expertise judiciaire formée par les associations requérantes alors même que l’existence certaine d’un préjudice écologique n’était pas encore établie.
RAPPEL DES FAITS
Depuis 2006, le maire de la commune de Saint-Genis-Pouilly (Ain) porte un projet d’implantation d’un vaste centre commercial, comportant 39 000 mètres carrés de surface de vente et un parc de stationnement de 2 056 places à édifier sur un terrain de 13,68 hectares. La zone du projet, localisée dans une région (Pays de Gex) déjà particulièrement dotée en structures commerciales de ce type, était initialement classée comme zone humide, puisque proche de la rivière l’Allondon, laquelle n’est pas protégée en France mais fortement en Suisse.
Plusieurs procédures préalables ont été menées, parmi lesquelles une évaluation environnementale, une enquête publique ainsi qu’une étude d’impact. Cette dernière a notamment identifié, au titre de l’état initial de l’environnement, la présence d’un patrimoine faunistique et floristique présentant des enjeux écologiques significatifs. Par ailleurs, les fouilles archéologiques réalisées sur le site ont révélé l’existence d’un système de nappe souterraine jusque-là non identifié, révélant la sensibilité particulière du contexte hydrogéologique dans lequel s’inscrit le projet.
Malgré ces constats, et en méconnaissance de certaines prescriptions formulées dans l’étude d’impact, la société porteuse du projet a engagé des travaux de terrassement durant une période d’activité faunistique. De telles opérations ont affecté la zone, entraînant des dommages dont une partie apparaît d’ores et déjà irréversible.
Sur le plan juridictionnel, la société IF Allondona sollicité et obtenu, par arrêté du maire du 22 décembre 2017, un permis deconstruire valant autorisation d’exploitation commerciale. Sur ce dernier, un recours a été engagé par une société concurrente, lequel a été rejeté par un arrêt en date du 14 février 2023.
En septembre 2021, plusieurs associations de protection de l’environnement, parmi lesquelles Patrimoine-Environnement, Pro Natura, France Nature Environnement et l’AAPPMA de Thoiry, ont introduit, d’une part, un référé-suspension tendant à l’interruption des travaux et, d’autre part, un référé-expertise afin d’obtenir la désignation d’un expert judiciaire. Ces deux demandes ont toutefois été rejetées.
Les associations requérantes ont alors décidé de ne faire appel que du rejet du référé-expertise. Ce rejet a néanmoins été confirmé successivement par le tribunal judiciaire en novembre 2021 puis par la cour d’appel de Lyon dans un arrêt du 28 août 2022. Ce n’est qu’à la suite d’un pourvoi en cassation, statuant après renvoi, que la cour d’appel de Lyon, par un arrêt du 25 février 2026 (Association Patrimoine Environnement, RG n° 25/2811), a finalement fait droit à la demande d’expertise judiciaire en matière environnementale. La juridiction a ainsi ordonné la désignation d’un expert en hydrogéologie chargé d’évaluer la menace que représentent les travaux de construction du centre commercial pour l’équilibre du système hydrogéologique local ainsi que les conséquences en chaîne susceptibles d’en résulter, notamment d’un point de vue faunistique.
Tout en confirmant la compétence de la juridiction judiciaire en matière de réparation du préjudice écologique sur le fondement des articles 1246 et suivants du Code civil, les juges admettent la demande d’expertise judiciaire formée par les associations requérantes alors même que l’existence certaine d’un préjudice écologique n’était pas encore établie.
Elle rappelle le principe de l’expertise judiciaire dont la base juridique repose sur l’article 145 du code de procédure civile, selon lequel le juge des référés saisi sur le fondement de cet article ne peut pas subordonner l’octroi de la mesure d’expertise à la preuve du bien-fondé de l’action envisagée.
Ce mécanisme, permet donc au juge d’ordonner toute mesure d’instruction légalement admissible non pas sur le « bien fondé » mais dès lors qu’il existe un « motif légitime » de conserver ou d’établir la preuve de faits dont pourrait dépendre la solution d’un litige.
Traditionnellement, en matière environnementale, l’expertise judiciaire n’était ordonnée qu’une fois l’existence du préjudice écologique démontrée ou, à tout le moins, suffisamment caractérisée. Par sa décision du 25 février 2026, la cour d’appel de Lyon semble toutefois infléchir cette logique chronologique en admettant qu’une expertise puisse être ordonnée dès lors que des éléments factuels rendent plausible l’existence d’un tel préjudice, sans qu’il soit nécessaire d’en rapporter la preuve certaine. Par conséquent, le préjudice écologique peut être à la fois avéré et fuitur, permettant de facto de constater les atteintes déjà réalisées ainsi que d’évaluer le caractère certain des atteintes futures.
Dans le cadre du projet « OPEN », la cour d’appel de Lyon, adoptant un raisonnement fondé sur la connexité des dommages, tant sur le plan hydrogéologique que faunistique, a retenu l’existence, dans ces deux domaines, d’indices suffisamment sérieux de perturbations écologiques. Ces éléments ont été jugés de nature à caractériser un motif légitime et, par conséquent, à justifier la désignation d’un expert judiciaire.
Elle a relevé, d’une part, que le contexte hydrogéologique du site, corroboré par des constats d’huissier, des photographies et l’avis d’un bureau d’études, pouvait révéler l’existence d’un préjudice écologique. D’autre part, elle a considéré que les atteintes potentielles à la faune et aux espèces protégées étaient intrinsèquement liées aux désordres hydrogéologiques identifiés, ces derniers étant susceptibles d’entraîner des effets en cascade sur la biodiversité de la zone humide.
Cet arrêt met en lumière le rôle structurant de l’expertise judiciaire dans le contentieux environnemental. En mobilisant les mécanismes classiques de l’expertise issus du droit civil, fondés sur l’existence d’un motif légitime plutôt que sur la démonstration préalable du bien-fondé de l’action, la juridiction facilite l’accès à la preuve dans un contentieux marqué par une forte technicité scientifique. Elle infléchit ainsi la logique antérieure en affirmant que la démonstration de l’existence du préjudice relève précisément de ce que l’expertise a vocation à établir.
Dans les litiges relatifs à la responsabilité environnementale, la caractérisation du dommage constitue en effet une étape déterminante. La complexité scientifique des atteintes à l’environnement conduit fréquemment le juge à recourir à l’expertise afin d’en déterminer l’origine et l’ampleur. L’expert se voit ainsi confier un rôle central dans l’instruction du litige : il lui appartient de documenter l’existence d’une atteinte non négligeable aux éléments ou aux fonctions des écosystèmes, d’en apprécier le caractère certain, actuel ou futur et, le cas échéant, de proposer les mesures de réparation appropriées ainsi que d’en évaluer l’étendue.
Cet arrêt illustre le rôle structurant de l’expertise judiciaire dans le contentieux environnemental. En appliquant les mécanismes classiques de l’expertise judiciaire issus du droit civil, fondés sur l’existence d’un motif légitime plutôt que sur la démonstration préalable du bien-fondé de l’action, elle facilite l’accès à la preuve dans un contentieux marqué par une forte technicité scientifique, et inverse la logique jusque là suivie par les juges, permettant d’affirmer que la preuve de l’existence réelle d’un préjudice relève de ce que l’expertise doit permettre d’établir.